En un momento en que la resistencia a los antibióticos representa una de las mayores amenazas para la salud pública mundial, los científicos están explorando también otros efectos a largo plazo de estos medicamentos esenciales. Uno de los más preocupantes es su impacto persistente sobre el microbioma intestinal, la compleja comunidad de bacterias que habita en nuestro intestino y que influye en la digestión, el sistema inmune y hasta el metabolismo.
Un estudio reciente, publicado en la revista Nature Medicine el 11 de marzo de 2026, revela que ciertos antibióticos pueden alterar la composición del microbioma intestinal durante cuatro a ocho años después de su uso, e incluso un solo tratamiento deja huella detectable.
El trabajo, liderado por investigadores de la Universidad de Uppsala (Suecia), analizó datos de casi 15.000 adultos (exactamente 14.979 participantes) combinando registros nacionales de prescripciones de medicamentos con análisis metagenómicos detallados de muestras fecales. Gracias al exhaustivo registro sueco de fármacos dispensados en farmacias, los autores pudieron vincular el historial de uso de antibióticos con la composición actual del microbioma, comparando a personas expuestas a diferentes tipos de antibióticos con aquellas que no habían tomado ninguno en el periodo estudiado (hasta ocho años previos).
“Podemos ver que el uso de antibióticos de hace entre cuatro y ocho años está relacionado con la composición del microbioma intestinal actual de una persona. Incluso un único tratamiento con ciertos tipos de antibióticos deja huella”, explica Gabriel Baldanzi, primer autor del estudio y exdoctorando en la Universidad de Uppsala.
Aunque se conocía el fuerte impacto a corto plazo de los antibióticos sobre el microbioma, la duración de estos cambios había sido una incógnita. Estudios epidemiológicos previos ya habían asociado un uso elevado de estos fármacos con mayor riesgo de diabetes tipo 2, ciertas infecciones gastrointestinales y otros problemas metabólicos, y se sospecha que las alteraciones en el microbioma juegan un papel clave.
Los resultados muestran variaciones importantes según el tipo de antibiótico. Las asociaciones más fuertes y persistentes se observaron con:
-Clindamicina.
-Fluoroquinolonas.
-Flucloxacilina.
Estos fármacos parecen afectar más profundamente la diversidad de especies bacterianas y la abundancia de ciertas poblaciones microbianas. Baldanzi señala dos razones principales: su amplio espectro de acción (especialmente contra bacterias anaerobias del intestino) y su farmacocinética, ya que algunos pasan por la circulación enterohepática, regresando al colon en altas concentraciones donde reside la mayor parte del microbioma.
En contraste, la penicilina V —el antibiótico más recetado en Suecia para infecciones extrahospitalarias— se asoció con cambios mucho más leves y de menor duración.
“La fuerte relación entre la flucloxacilina —un antibiótico de espectro estrecho— y el microbioma intestinal fue inesperada, y nos gustaría que este hallazgo se confirmara en otros estudios”, comenta Tove Fall, profesora de epidemiología molecular en Uppsala y autora principal del trabajo.
Los investigadores también encontraron que el uso de ciertos antibióticos se relacionaba con mayor abundancia de bacterias que aparecen elevadas en personas con diabetes tipo 2, lo que podría ayudar a explicar algunas asociaciones observadas en estudios previos entre antibióticos y enfermedades metabólicas crónicas como la obesidad o la diabetes.
“La elección del antibiótico para tratar una infección se basa sobre todo en qué bacterias es más probable que la causen y en sus perfiles de resistencia. Estos factores siguen siendo los determinantes más importantes”, subraya Baldanzi.
Sin embargo, cuando dos antibióticos son igualmente eficaces contra la infección, podría considerarse un tercer criterio: su impacto colateral sobre el microbioma. “Dado la importancia del microbioma para la salud humana, su alteración podría verse como uno de esos efectos colaterales”, añade.
